L'allestimento del Deposito Attrezzato riflette le campagne di restauro promosse dalla Soprintendenza al Patrimonio Storico Artistico e Demoetnoantropologico delle Marche - Urbino: le opere d'arte restaurate sono esposte nel percorso di visita in attesa che siano resi idonei gli edifici storici di provenienza. Dall'apertura del Deposito Attrezzato, nell'estate del 1999, sono numerose le opere restituite alla fruizione: San Giovanni Battista di Andrea Sacchi, La morte di Sant'Anna di Giacinto Brandi, San Filippo Neri in estasi di Sebastiano Conca, San Carlo Borromeo di Giovan Francesco Guerrieri, La Madonna intercede presso il Salvatore per le Anime dei purganti di Giuseppe Puglia detto il Bastaro, San Filippo Neri in gloria di Giovan Francesco Guerrieri. Nel prossimo biennio, grazie ad un progetto finanziato dalla Provincia di Ancona in base alla Legge Regionale n. 75/97, è prevista l'istituzione di un Laboratorio di Restauro presso il Deposito Attrezzato Opere d'arte: un luogo di pronto intervento sulle opere provenienti dal territorio che renda l'emergenza della tutela occasione di ricerca e formazione.